Bioinformatics with Python Cookbook

Author: Tiago Antao
Publisher: Packt Publishing Ltd
ISBN: 9781789349986
Release Date: 2018-11-30
Genre: Computers

Discover modern, next-generation sequencing libraries from Python ecosystem to analyze large amounts of biological data Key Features Perform complex bioinformatics analysis using the most important Python libraries and applications Implement next-generation sequencing, metagenomics, automating analysis, population genetics, and more Explore various statistical and machine learning techniques for bioinformatics data analysis Book Description Bioinformatics is an active research field that uses a range of simple-to-advanced computations to extract valuable information from biological data. This book covers next-generation sequencing, genomics, metagenomics, population genetics, phylogenetics, and proteomics. You'll learn modern programming techniques to analyze large amounts of biological data. With the help of real-world examples, you'll convert, analyze, and visualize datasets using various Python tools and libraries. This book will help you get a better understanding of working with a Galaxy server, which is the most widely used bioinformatics web-based pipeline system. This updated edition also includes advanced next-generation sequencing filtering techniques. You'll also explore topics such as SNP discovery using statistical approaches under high-performance computing frameworks such as Dask and Spark. By the end of this book, you'll be able to use and implement modern programming techniques and frameworks to deal with the ever-increasing deluge of bioinformatics data. What you will learn Learn how to process large next-generation sequencing (NGS) datasets Work with genomic dataset using the FASTQ, BAM, and VCF formats Learn to perform sequence comparison and phylogenetic reconstruction Perform complex analysis with protemics data Use Python to interact with Galaxy servers Use High-performance computing techniques with Dask and Spark Visualize protein dataset interactions using Cytoscape Use PCA and Decision Trees, two machine learning techniques, with biological datasets Who this book is for This book is for Data data Scientistsscientists, Bioinformatics bioinformatics analysts, researchers, and Python developers who want to address intermediate-to-advanced biological and bioinformatics problems using a recipe-based approach. Working knowledge of the Python programming language is expected.

Programmieren lernen mit Python

Author: Allen B. Downey
Publisher: O'Reilly Germany
ISBN: 9783868999471
Release Date: 2013-01-31
Genre: Computers

Python ist eine moderne, interpretierte, interaktive und objektorientierte Skriptsprache, vielseitig einsetzbar und sehr beliebt. Mit mathematischen Vorkenntnissen ist Python leicht erlernbar und daher die ideale Sprache für den Einstieg in die Welt des Programmierens. Das Buch führt Sie Schritt für Schritt durch die Sprache, beginnend mit grundlegenden Programmierkonzepten, über Funktionen, Syntax und Semantik, Rekursion und Datenstrukturen bis hin zum objektorientierten Design. Jenseits reiner Theorie: Jedes Kapitel enthält passende Übungen und Fallstudien, kurze Verständnistests und kleinere Projekte, an denen Sie die neu erlernten Programmierkonzepte gleich ausprobieren und festigen können. Auf diese Weise können Sie das Gelernte direkt anwenden und die jeweiligen Programmierkonzepte nachvollziehen. Lernen Sie Debugging-Techniken kennen: Am Ende jedes Kapitels finden Sie einen Abschnitt zum Thema Debugging, der Techniken zum Aufspüren und Vermeiden von Bugs sowie Warnungen vor entsprechenden Stolpersteinen in Python enthält. Starten Sie durch: Beginnen Sie mit den Grundlagen der Programmierung und den verschiedenen Programmierkonzepten, und lernen Sie, wie ein Informatiker zu programmieren.

R in a Nutshell

Author: Joseph Adler
Publisher: O'Reilly Germany
ISBN: 9783897216501
Release Date: 2010-12-31
Genre: Computers

Wozu sollte man R lernen? Da gibt es viele Gründe: Weil man damit natürlich ganz andere Möglichkeiten hat als mit einer Tabellenkalkulation wie Excel, aber auch mehr Spielraum als mit gängiger Statistiksoftware wie SPSS und SAS. Anders als bei diesen Programmen hat man nämlich direkten Zugriff auf dieselbe, vollwertige Programmiersprache, mit der die fertigen Analyse- und Visualisierungsmethoden realisiert sind – so lassen sich nahtlos eigene Algorithmen integrieren und komplexe Arbeitsabläufe realisieren. Und nicht zuletzt, weil R offen gegenüber beliebigen Datenquellen ist, von der einfachen Textdatei über binäre Fremdformate bis hin zu den ganz großen relationalen Datenbanken. Zudem ist R Open Source und erobert momentan von der universitären Welt aus die professionelle Statistik. R kann viel. Und Sie können viel mit R machen – wenn Sie wissen, wie es geht. Willkommen in der R-Welt: Installieren Sie R und stöbern Sie in Ihrem gut bestückten Werkzeugkasten: Sie haben eine Konsole und eine grafische Benutzeroberfläche, unzählige vordefinierte Analyse- und Visualisierungsoperationen – und Pakete, Pakete, Pakete. Für quasi jeden statistischen Anwendungsbereich können Sie sich aus dem reichen Schatz der R-Community bedienen. Sprechen Sie R! Sie müssen Syntax und Grammatik von R nicht lernen – wie im Auslandsurlaub kommen Sie auch hier gut mit ein paar aufgeschnappten Brocken aus. Aber es lohnt sich: Wenn Sie wissen, was es mit R-Objekten auf sich hat, wie Sie eigene Funktionen schreiben und Ihre eigenen Pakete schnüren, sind Sie bei der Analyse Ihrer Daten noch flexibler und effektiver. Datenanalyse und Statistik in der Praxis: Anhand unzähliger Beispiele aus Medizin, Wirtschaft, Sport und Bioinformatik lernen Sie, wie Sie Daten aufbereiten, mithilfe der Grafikfunktionen des lattice-Pakets darstellen, statistische Tests durchführen und Modelle anpassen. Danach werden Ihnen Ihre Daten nichts mehr verheimlichen.

Python von Kopf bis Fu

Author: Paul Barry
Publisher: O'Reilly
ISBN: 9783960101369
Release Date: 2017-08-10
Genre: Computers

Was lernen Sie in diesem Buch? Haben Sie sich schon einmal gewünscht, Sie könnten mit nur einem Buch Python richtig lernen? Mit Python von Kopf bis Fuß schaffen Sie es! Durch die ausgefeilte Von-Kopf-bis-Fuß-Didaktik, die viel mehr als die bloße Syntax und typische How-to-Erklärungen bietet, wird es sogar zum Vergnügen. Python-Grundlagen wie Datenstrukturen und Funktionen verstehen Sie hier schnell, und dann geht es auch schon weiter: Sie programmieren Ihre eigene Web-App, erkunden Datenbank-Management, Ausnahmebehandlung und die Verarbeitung von Daten. Da Python häufig im Data-Science-Umfeld eingesetzt wird, haben in der 2. Auflage diejenigen Techniken ein stärkeres Gewicht bekommen, die in der Welt der Big Data genutzt werden. Wieso sieht dieses Buch so anders aus? In diesem Buch sind die neuesten Erkenntnisse der Kognitionswissenschaft und der Lerntheorie eingeflossen, um Ihnen das Lernen so einfach wie möglich zu machen. Statt einschläfernder Bleiwüsten verwendet dieses Buch eine Vielzahl von Abbildungen und Textstilen, die Ihnen das Wissen direkt ins Hirn spielen – und zwar so, dass es sitzt.

Data Science f r Dummies

Author: Lillian Pierson
Publisher: John Wiley & Sons
ISBN: 9783527806751
Release Date: 2016-04-22
Genre: Mathematics

Daten, Daten, Daten? Sie haben schon Kenntnisse in Excel und Statistik, wissen aber noch nicht, wie all die Datensätze helfen sollen, bessere Entscheidungen zu treffen? Von Lillian Pierson bekommen Sie das dafür notwendige Handwerkszeug: Bauen Sie Ihre Kenntnisse in Statistik, Programmierung und Visualisierung aus. Nutzen Sie Python, R, SQL, Excel und KNIME. Zahlreiche Beispiele veranschaulichen die vorgestellten Methoden und Techniken. So können Sie die Erkenntnisse dieses Buches auf Ihre Daten übertragen und aus deren Analyse unmittelbare Schlüsse und Konsequenzen ziehen.

Mehr Hacking mit Python

Author: Justin Seitz
Publisher: dpunkt.verlag
ISBN: 9783864917530
Release Date: 2015-10-09
Genre: Computers

Wenn es um die Entwicklung leistungsfähiger und effizienter Hacking-Tools geht, ist Python für die meisten Sicherheitsanalytiker die Sprache der Wahl. Doch wie genau funktioniert das? In dem neuesten Buch von Justin Seitz - dem Autor des Bestsellers »Hacking mit Python« - entdecken Sie Pythons dunkle Seite. Sie entwickeln Netzwerk-Sniffer, manipulieren Pakete, infizieren virtuelle Maschinen, schaffen unsichtbare Trojaner und vieles mehr. Sie lernen praktisch, wie man • einen »Command-and-Control«-Trojaner mittels GitHub schafft • Sandboxing erkennt und gängige Malware-Aufgaben wie Keylogging und Screenshotting automatisiert • Windows-Rechte mittels kreativer Prozesskontrolle ausweitet • offensive Speicherforensik-Tricks nutzt, um Passwort-Hashes abzugreifen und Shellcode in virtuelle Maschinen einzuspeisen • das beliebte Web-Hacking-Tool Burp erweitert • die Windows COM-Automatisierung nutzt, um einen Man-in-the-Middle-Angriff durchzuführen • möglichst unbemerkt Daten aus einem Netzwerk abgreift Eine Reihe von Insider-Techniken und kreativen Aufgaben zeigen Ihnen, wie Sie die Hacks erweitern und eigene Exploits entwickeln können.

Datenanalyse mit Python

Author: Wes McKinney
Publisher: O'Reilly
ISBN: 9783960102144
Release Date: 2018-10-29
Genre: Computers

Erfahren Sie alles über das Manipulieren, Bereinigen, Verarbeiten und Aufbereiten von Datensätzen mit Python: Aktualisiert auf Python 3.6, zeigt Ihnen dieses konsequent praxisbezogene Buch anhand konkreter Fallbeispiele, wie Sie eine Vielzahl von typischen Datenanalyse-Problemen effektiv lösen. Gleichzeitig lernen Sie die neuesten Versionen von pandas, NumPy, IPython und Jupyter kennen.Geschrieben von Wes McKinney, dem Begründer des pandas-Projekts, bietet Datenanalyse mit Python einen praktischen Einstieg in die Data-Science-Tools von Python. Das Buch eignet sich sowohl für Datenanalysten, für die Python Neuland ist, als auch für Python-Programmierer, die sich in Data Science und Scientific Computing einarbeiten wollen. Daten und zugehöriges Material des Buchs sind auf GitHub verfügbar.Aus dem Inhalt:Nutzen Sie die IPython-Shell und Jupyter Notebook für das explorative ComputingLernen Sie Grundfunktionen und fortgeschrittene Features von NumPy kennenSetzen Sie die Datenanalyse-Tools der pandasBibliothek einVerwenden Sie flexible Werkzeuge zum Laden, Bereinigen, Transformieren, Zusammenführen und Umformen von DatenErstellen Sie interformative Visualisierungen mit matplotlibWenden Sie die GroupBy-Mechanismen von pandas an, um Datensätzen zurechtzuschneiden, umzugestalten und zusammenzufassenAnalysieren und manipulieren Sie verschiedenste Zeitreihen-DatenFür diese aktualisierte 2. Auflage wurde der gesamte Code an Python 3.6 und die neuesten Versionen der pandas-Bibliothek angepasst. Neu in dieser Auflage: Informationen zu fortgeschrittenen pandas-Tools sowie eine kurze Einführung in statsmodels und scikit-learn.

Angewandte Bioinformatik

Author: Paul M. Selzer
Publisher: Springer-Verlag
ISBN: 9783662541357
Release Date: 2018-01-16
Genre: Science

Für Studierende und Wissenschaftler der Lebenswissenschaften schafft dieses Buch einen schnellen, strukturierten Zugang zur Angewandten Bioinformatik ohne Programmierkenntnisse oder tiefgehende Informatikkenntnisse vorauszusetzen. Es bietet eine Einführung in die tägliche Anwendung der vielfältigen bioinformatischen Werkzeuge und gibt einen ersten Überblick über das sehr komplexe Fachgebiet. Die Kontrolle des vermittelten Stoffs wird durch Übungsbeispiele mit Lösungen gewährleistet. Ein Glossar der zugrundeliegenden Fachtermini sowie ein ausführliches Sachverzeichnis runden das Buch ab. Für die 2. Auflage wurde das Werk umfassend aktualisiert.

CSS Kochbuch

Author: Christopher Schmitt
Publisher: O'Reilly Germany
ISBN: 9783897213258
Release Date: 2012-04-30
Genre: Computers

Cascading Style Sheets (CSS) bieten unendliche Möglichkeiten, das Design einer Website gezielt und individuell zu gestalten. Mit CSS3 sind noch einmal viele Features hinzugekommen, auf die viele Designer schon lange gewartet haben: ob Schattenwürfe, abgerundete Ecken oder die Einbindung von Webfonts – ein genauer Blick auf die neuen Gestaltungsmöglichkeiten lohnt sich. Diese dritte Auflage des CSS Kochbuchs wurde grundlegend überarbeitet, aktualisiert und erweitert. In mehr als 200 Rezepten finden Sie Antworten auf gängige bis vertrackte Problemstellungen, denen Webdesigner immer wieder begegnen. CSS-Grundlagen: Der erste Teil des Buchs beschäftigt sich mit grundlegenden CSS-Techniken. Hier erfahren Sie Wissenswertes über die Auswahl und Gestaltung von Seitenelementen und erhalten Tipps rund um die Typografie fürs Web. Natürlich wird auch der Umgang mit Bildern behandelt. Fortgeschrittenere Techniken: Erfahren Sie, wie Sie Formulare, Tabellen und Listen gestalten und ins Layout Ihrer Seite einbetten. Lernen Sie, wie Sie Links und Navigationen optimal gestalten und Effekte wie Rollover, aufklappbare Menüs oder Tooltips mit CSS erzeugen. Seitenlayout und Design: Mit CSS lassen sich ein-, zwei und mehrspaltige Layouts umsetzen, die Sie wahlweise mit festen oder flexiblen Breiten versehen können. Dank der CSS3-Media Queries können Sie nun auch einfach feststellen, ob mit einem Desktop-Rechner, Smartphone oder Tablet auf Ihre Site zugegriffen wird und deren Ausgabe genau für das entsprechende Gerät optimieren. CSS 2.1 und CSS3: CSS3 ist noch relativ jung und wird nicht von allen Browsern gleich gut unterstützt. Dem trägt das Kochbuch Rechnung, indem CSS3-basierte Lösungen angeboten werden, wenn die Browserunterstützung schon sehr breit ist. Alle anderen Rezepte des Buchs basieren auf CSS 2.1.

Python kinderleicht

Author: Jason Briggs
Publisher: dpunkt.verlag
ISBN: 9783864919053
Release Date: 2016-03-09
Genre: Computers

Python ist eine leistungsfähige, moderne Programmiersprache. Sie ist einfach zu erlernen und macht Spaß in der Anwendung – mit diesem Buch umso mehr! »Python kinderleicht" macht die Sprache lebendig und zeigt Dir (und Deinen Eltern) die Welt der Programmierung. Jason R. Briggs führt Dich Schritt für Schritt durch die Grundlagen von Python. Du experimentierst mit einzigartigen (und oft urkomischen) Beispielprogrammen, bei denen es um gefräßige Monster, Geheimagenten oder diebische Raben geht. Neue Begriffe werden erklärt, der Programmcode ist farbig dargestellt, strukturiert und mit Erklärungen versehen. Witzige Abbildungen erhöhen den Lernspaß. Jedes Kapitel endet mit Programmier-Rätseln, an denen Du das Gelernte üben und Dein Verständnis vertiefen kannst. Am Ende des Buches wirst Du zwei komplette Spiele programmiert haben: einen Klon des berühmten »Pong" und »Herr Strichmann rennt zum Ausgang" – ein Plattformspiel mit Sprüngen, Animation und vielem mehr. Indem Du Seite für Seite neue Programmierabenteuer bestehst, wirst Du immer mehr zum erfahrenen Python-Programmierer. - Du lernst grundlegende Datenstrukturen wie Listen, Tupel und Maps kennen. - Du erfährst, wie man mit Funktionen und Modulen den Programmcode organisieren und wiederverwenden kann. - Du wirst mit Kontrollstrukturen wie Schleifen und bedingten Anweisungen vertraut und lernst, mit Objekten und Methoden umzugehen. - Du zeichnest Formen mit dem Python-Modul Turtle und erstellst Spiele, Animationen und andere grafische Wunder mit tkinter. Und: »Python kinderleicht" macht auch für Erwachsene das Programmierenlernen zum Kinderspiel! Alle Programme findest Du auch zum Herunterladen auf der Website!

Data Science mit Python

Author: Jake VanderPlas
Publisher: MITP-Verlags GmbH & Co. KG
ISBN: 9783958456976
Release Date: 2017-11-24
Genre: Computers

Die wichtigsten Tools für die Datenanalyse und-bearbeitung im praktischen Einsatz Python effizient für datenintensive Berechnungen einsetzen mit IPython und Jupyter Laden, Speichern und Bearbeiten von Daten und numerischen Arrays mit NumPy und Pandas Visualisierung von Daten mit Matplotlib Python ist für viele die erste Wahl für Data Science, weil eine Vielzahl von Ressourcen und Bibliotheken zum Speichern, Bearbeiten und Auswerten von Daten verfügbar ist. In diesem Buch erläutert der Autor den Einsatz der wichtigsten Tools. Für Datenanalytiker und Wissenschaftler ist dieses umfassende Handbuch von unschätzbarem Wert für jede Art von Berechnung mit Python sowie bei der Erledigung alltäglicher Aufgaben. Dazu gehören das Bearbeiten, Umwandeln und Bereinigen von Daten, die Visualisierung verschiedener Datentypen und die Nutzung von Daten zum Erstellen von Statistiken oder Machine-Learning-Modellen. Dieses Handbuch erläutert die Verwendung der folgenden Tools: ● IPython und Jupyter für datenintensive Berechnungen ● NumPy und Pandas zum effizienten Speichern und Bearbeiten von Daten und Datenarrays in Python ● Matplotlib für vielfältige Möglichkeiten der Visualisierung von Daten ● Scikit-Learn zur effizienten und sauberen Implementierung der wichtigsten und am meisten verbreiteten Algorithmen des Machine Learnings Der Autor zeigt Ihnen, wie Sie die zum Betreiben von Data Science verfügbaren Pakete nutzen, um Daten effektiv zu speichern, zu handhaben und Einblick in diese Daten zu gewinnen. Grundlegende Kenntnisse in Python werden dabei vorausgesetzt. Leserstimme zum Buch: »Wenn Sie Data Science mit Python betreiben möchten, ist dieses Buch ein hervorragender Ausgangspunkt. Ich habe es sehr erfolgreich beim Unterrichten von Informatik- und Statistikstudenten eingesetzt. Jake geht weit über die Grundlagen der Open-Source-Tools hinaus und erläutert die grundlegenden Konzepte, Vorgehensweisen und Abstraktionen in klarer Sprache und mit verständlichen Erklärungen.« – Brian Granger, Physikprofessor, California Polytechnic State University, Mitbegründer des Jupyter-Projekts

Routineaufgaben mit Python automatisieren

Author: Al Sweigart
Publisher: dpunkt.verlag
ISBN: 9783864919930
Release Date: 2016-07-28
Genre: Computers

Wenn Sie jemals Stunden damit verbracht haben, Dateien umzubenennen oder Hunderte von Tabelleneinträgen zu aktualisieren, dann wissen Sie, wie stumpfsinnig manche Tätigkeiten sein können. Wie wäre es, den Computer dazu zu bringen, diese Arbeiten zu übernehmen? In diesem Buch lernen Sie, wie Sie mit Python Aufgaben in Sekundenschnelle erledigen können, die sonst viel Zeit in Anspruch nehmen würden. Programmiererfahrung brauchen Sie dazu nicht: Wenn Sie einmal die Grundlagen gemeistert haben, werden Sie Python-Programme schreiben, die automatisch alle möglichen praktischen Aufgaben für Sie abarbeiten: • eine oder eine Vielzahl von Dateien nach Texten durchsuchen • Dateien und Ordner erzeugen, aktualisieren, verschieben und umbenennen • das Web durchsuchen und Inhalte herunterladen • Excel-Dateien aktualisieren und formatieren • PDF-Dateien teilen, zusammenfügen, mit Wasserzeichen versehen und verschlüsseln • Erinnerungsmails und Textnachrichten verschicken • Online-Formulare ausfüllen Schritt-für-Schritt-Anleitungen führen Sie durch jedes Programm und Übungsaufgaben am Ende jedes Kapitels fordern Sie dazu auf, die Programme zu verbessern und Ihre Fähigkeiten auf ähnliche Problemstellungen zu richten. Verschwenden Sie nicht Ihre Zeit mit Aufgaben, die auch ein gut dressierter Affe erledigen könnte. Bringen Sie Ihren Computer dazu, die langweilige Arbeit zu machen!

Einf hrung in Data Science

Author: Joel Grus
Publisher: O'Reilly
ISBN: 9783960100256
Release Date: 2016-03-31
Genre: Computers

Dieses Buch führt Sie in Data Science ein, indem es grundlegende Prinzipien der Datenanalyse erläutert und Ihnen geeignete Techniken und Werkzeuge vorstellt. Sie lernen nicht nur, wie Sie Bibliotheken, Frameworks, Module und Toolkits konkret einsetzen, sondern implementieren sie auch selbst. Dadurch entwickeln Sie ein tieferes Verständnis für die Zusammenhänge und erfahren, wie essenzielle Tools und Algorithmen der Datenanalyse im Kern funktionieren. Falls Sie Programmierkenntnisse und eine gewisse Sympathie für Mathematik mitbringen, unterstützt Joel Grus Sie dabei, mit den mathematischen und statistischen Grundlagen der Data Science vertraut zu werden und sich Programmierfähigkeiten anzueignen, die Sie für die Praxis benötigen. Dabei verwendet er Python: Die weitverbreitete Sprache ist leicht zu erlernen und bringt zahlreiche Bibliotheken für Data Science mit. Aus dem Inhalt: - Absolvieren Sie einen Crashkurs in Python - Lernen Sie die Grundlagen von linearer Algebra, Statistik und Wahrscheinlichkeitsrechnung kennen und erfahren Sie, wie diese in Data Science eingesetzt werden - Sammeln, untersuchen, bereinigen, bearbeiten und manipulieren Sie Daten - Tauchen Sie in die Welt des maschinellen Lernens ein - Implementieren Sie Modelle wie k-nearest Neighbors, Naive Bayes, lineare und logistische Regression, Entscheidungsbäume, neuronale Netzwerke und Clustering - Entdecken Sie Empfehlungssysteme, Sprachverarbeitung, Netzwerkanalyse, MapReduce und Datenbanken