Primer to Analysis of Genomic Data Using R

Author: Cedric Gondro
Publisher: Springer
ISBN: 9783319144757
Release Date: 2015-05-18
Genre: Medical

Through this book, researchers and students will learn to use R for analysis of large-scale genomic data and how to create routines to automate analytical steps. The philosophy behind the book is to start with real world raw datasets and perform all the analytical steps needed to reach final results. Though theory plays an important role, this is a practical book for graduate and undergraduate courses in bioinformatics and genomic analysis or for use in lab sessions. How to handle and manage high-throughput genomic data, create automated workflows and speed up analyses in R is also taught. A wide range of R packages useful for working with genomic data are illustrated with practical examples. The key topics covered are association studies, genomic prediction, estimation of population genetic parameters and diversity, gene expression analysis, functional annotation of results using publically available databases and how to work efficiently in R with large genomic datasets. Important principles are demonstrated and illustrated through engaging examples which invite the reader to work with the provided datasets. Some methods that are discussed in this volume include: signatures of selection, population parameters (LD, FST, FIS, etc); use of a genomic relationship matrix for population diversity studies; use of SNP data for parentage testing; snpBLUP and gBLUP for genomic prediction. Step-by-step, all the R code required for a genome-wide association study is shown: starting from raw SNP data, how to build databases to handle and manage the data, quality control and filtering measures, association testing and evaluation of results, through to identification and functional annotation of candidate genes. Similarly, gene expression analyses are shown using microarray and RNAseq data. At a time when genomic data is decidedly big, the skills from this book are critical. In recent years R has become the de facto tool for analysis of gene expression data, in addition to its prominent role in analysis of genomic data. Benefits to using R include the integrated development environment for analysis, flexibility and control of the analytic workflow. Included topics are core components of advanced undergraduate and graduate classes in bioinformatics, genomics and statistical genetics. This book is also designed to be used by students in computer science and statistics who want to learn the practical aspects of genomic analysis without delving into algorithmic details. The datasets used throughout the book may be downloaded from the publisher’s website./p

R in a Nutshell

Author: Joseph Adler
Publisher: O'Reilly Germany
ISBN: 9783897216501
Release Date: 2010-12-31
Genre: Computers

Wozu sollte man R lernen? Da gibt es viele Gründe: Weil man damit natürlich ganz andere Möglichkeiten hat als mit einer Tabellenkalkulation wie Excel, aber auch mehr Spielraum als mit gängiger Statistiksoftware wie SPSS und SAS. Anders als bei diesen Programmen hat man nämlich direkten Zugriff auf dieselbe, vollwertige Programmiersprache, mit der die fertigen Analyse- und Visualisierungsmethoden realisiert sind – so lassen sich nahtlos eigene Algorithmen integrieren und komplexe Arbeitsabläufe realisieren. Und nicht zuletzt, weil R offen gegenüber beliebigen Datenquellen ist, von der einfachen Textdatei über binäre Fremdformate bis hin zu den ganz großen relationalen Datenbanken. Zudem ist R Open Source und erobert momentan von der universitären Welt aus die professionelle Statistik. R kann viel. Und Sie können viel mit R machen – wenn Sie wissen, wie es geht. Willkommen in der R-Welt: Installieren Sie R und stöbern Sie in Ihrem gut bestückten Werkzeugkasten: Sie haben eine Konsole und eine grafische Benutzeroberfläche, unzählige vordefinierte Analyse- und Visualisierungsoperationen – und Pakete, Pakete, Pakete. Für quasi jeden statistischen Anwendungsbereich können Sie sich aus dem reichen Schatz der R-Community bedienen. Sprechen Sie R! Sie müssen Syntax und Grammatik von R nicht lernen – wie im Auslandsurlaub kommen Sie auch hier gut mit ein paar aufgeschnappten Brocken aus. Aber es lohnt sich: Wenn Sie wissen, was es mit R-Objekten auf sich hat, wie Sie eigene Funktionen schreiben und Ihre eigenen Pakete schnüren, sind Sie bei der Analyse Ihrer Daten noch flexibler und effektiver. Datenanalyse und Statistik in der Praxis: Anhand unzähliger Beispiele aus Medizin, Wirtschaft, Sport und Bioinformatik lernen Sie, wie Sie Daten aufbereiten, mithilfe der Grafikfunktionen des lattice-Pakets darstellen, statistische Tests durchführen und Modelle anpassen. Danach werden Ihnen Ihre Daten nichts mehr verheimlichen.

Mathematische Grundlagen der empirischen Forschung

Author: Ansgar Steland
Publisher: Springer-Verlag
ISBN: 9783642170645
Release Date: 2013-03-07
Genre: Medical

Mathematische Modelle und Methoden sind heute in den Natur- und Biowissenschaften zu einem wichtigen Bestandteil der wissenschaftlichen Arbeit und Forschung geworden. Leitfaden der vorliegenden anschaulichen und grundlegenden Einführung in diesen Themenbereich sind die in den Naturwissenschaften typischen auftretenen Fragestellungen, anhand dessen die wichtigsten Konzepte entwickelt werden. Bei der Darstellung des Stoffes wird bewusst auf das aus der Mathematik stammende Definition-Satz-Beweis-Schema verzichtet und die Vermittlung der wesentlichen Ideen und Ansätze in den Vordergrund gestellt. Schwerpunkte der Stoffauswahl liegen in der Wahrscheinlichkeitsrechnung, Statistik und Analysis, die einen direkten Zugang zu den wichtigen Anwendungen ermöglichen.

Statistik f r Dummies

Author: Deborah J. Rumsey
Publisher: John Wiley & Sons
ISBN: 9783527692767
Release Date: 2016-12-16
Genre: Education

Statistik ist ganz sicher kein beliebtes, aber ein notwendiges und auch n?tzliches Thema. Deborah Rumsey erkl?rt Ihnen in diesem Buch die notwendigen Grundbegriffe, erl?utert die wichtigsten statistischen Konzepte und schafft einen Bezug zwischen Theorie und Praxis. Dabei kommt Sie fast ohne Formeln aus. Sie lernen die verschiedenen grafischen Darstellungsm?glichkeiten von statistischem Material kennen und erfahren, wie Sie Ihre Ergebnisse richtig auswerten. Egal ob Mittelwert, Bias, Standardabweichung oder Konfidenzintervall, schon bald kann Ihnen keiner mehr etwas vormachen.

UNIX

Author: Jürgen Gulbins
Publisher: Springer-Verlag
ISBN: 9783662011010
Release Date: 2013-04-17
Genre: Computers


Programmieren mit R

Author: Uwe Ligges
Publisher: Springer-Verlag
ISBN: 9783540799986
Release Date: 2008-08-17
Genre: Computers

R ist eine objektorientierte und interpretierte Sprache und Programmierumgebung für Datenanalyse und Grafik. Ausführlich führt der Autor in die Grundlagen ein und vermittelt eingängig die Struktur der Sprache. So ermöglicht er Lesern den leichten Einstieg: eigene Methoden umsetzen, Objektklassen definieren und Pakete aus Funktionen und zugehöriger Dokumentation zusammenstellen. Detailliert beschreibt er die enormen Grafikfähigkeiten von R. Für alle, die R als flexibles Werkzeug zur Datenanalyse und -visualisierung einsetzen. In 2. Auflage mit vielen Verbesserungen und Neuerungen von R-2.3.x und weiteren von Lesern gewünschten Ergänzungen.

A Primer in Biological Data Analysis and Visualization Using R

Author: Gregg Hartvigsen
Publisher: Columbia University Press
ISBN: 9780231537049
Release Date: 2014-02-18
Genre: Science

R is a popular programming language that statisticians use to perform a variety of statistical computing tasks. Rooted in Gregg Hartvigsen's extensive experience teaching biology, this text is an engaging, practical, and lab-oriented introduction to R for students in the life sciences. Underscoring the importance of R and RStudio to the organization, computation, and visualization of biological statistics and data, Hartvigsen guides readers through the processes of entering data into R, working with data in R, and using R to express data in histograms, boxplots, barplots, scatterplots, before/after line plots, pie charts, and graphs. He covers data normality, outliers, and nonnormal data and examines frequently used statistical tests with one value and one sample; paired samples; more than two samples across a single factor; correlation; and linear regression. The volume also includes a section on advanced procedures and a final chapter on possible extensions into programming, featuring a discussion of algorithms, the art of looping, and combining programming and output.

Molekularbiologie der Zelle

Author: Bruce Alberts
Publisher: John Wiley & Sons
ISBN: 9783527323845
Release Date: 2011
Genre: Cells

Seit einem Vierteljahrhundert ist 'Molekularbiologie der Zelle' das führende Lehrbuch im Bereich Zellbiologie. Diese erfolgreiche Tradition wird nun mit der fünften Auflage fortgesetzt, die vollständig überarbeitet und aktualisiert wurde. Mit zahlreichen inhaltlichen Neuerungen stellt sie unser aktuelles, sich rasch weiterentwickelndes Wissens zum zentralen Gegenstand der Biologie dar - der Zelle.

Die Verfassung der Allmende

Author: Elinor Ostrom
Publisher: Mohr Siebeck
ISBN: 316146916X
Release Date: 1999
Genre: Political Science

English summary: The governance of natural resources used by many individuals in common is an issue of increasing concern to policy analysts. Both state control and privatization of resources have been advocated, but neither the state nor the market has been uniformly successful in solving common-pool resource problems. After critiquing the foundations of policy analysis as applied to natural resources, Elinor Ostrom here provides a unique body of empirical data to explore the conditions under which common-pool resource problems have been satisfactorily solved. Elinor Ostrom first describes three models most frequently used as the foundation for recommending state or market solutions. She then outlines theoretical and empirical alternatives to these models in order to illustrate the diversity of possible solutions. German description: In ihrem [...] Buch packt Elinor Ostrom eines der zahesten und umstrittensten Probleme der empirischen politischen Okonomie an: Lasst sich, und wenn ja wie, die Erschliessung von Allmenderessourcen so organisieren, dass sie weder ubernutzt werden noch allzu hohe Verwaltungskosten entstehen? Nach einer haufig unter Okonomen vertretenen Ansicht sind Ressourcen, die von vielen Individuen gemeinsam bewirtschaftet werden [...] erst ausbeutbar, wenn das Problem der Ubernutzung entweder durch Privatisierung oder durch eine externe Sanktionsinstanz gelost ist. Ostrom dagegen weist uberzeugend nach, dass andere Losungen existieren und sich stabile selbstverwaltete Institutionen schaffen lassen, sobald gewisse Probleme der Institutionenbereitstellung, glaubwurdigen Selbstverpflichtung und Regeluberwachung gelost sind. Ihre detaillierte Studie eines einzigartig breiten Spektrums von Fallbeispielen befasst sich unter anderem mit Hochgebirgsweiden in Japan und der Schweiz, Wasserprojekten auf den Philippinen und in Kalifornien [...] Gestutzt auf eine vergleichende Analyse der Ursachen erfolgreicher und gescheiterter Selbstverwaltung, beschreibt Ostrom etliche grundlegende Merkmale erfolgreicher Projekte der Bewirtschaftung von Allmenderessourcen und schliesst mit einer Aufforderung an andere Sozialwissenschaftler, ihr auf dem eingeschlagenen theoretischen Weg zu folgen. Douglass C. North im Geleitwort

Die Abstammung des Menschen

Author: Charles Darwin
Publisher: S. Fischer Verlag
ISBN: 9783104019345
Release Date: 2012-01-13
Genre: Fiction

Mit dem Werkbeitrag aus Kindlers Literatur Lexikon. Mit dem Autorenportät aus dem Metzler Philosophen Lexikon. Mit Daten zu Leben und Werk, exklusiv verfasst von der Redaktion der Zeitschrift für Literatur TEXT + KRITIK. Als eine der großen Kränkungen der Menschheit bezeichnete Sigmund Freud Darwins Evolutionstheorie, die unser Bild von der Welt radikal verändert hat: Darwin konnte als Erster wissenschaftlich nachweisen, dass der Mensch dem Tierreich entstammt, also keine von Gott geschaffene Krone der Schöpfung darstellt. Und dass in der Welt nicht immer nur die Muskelpakete, sondern oft auch die Paradiesvögel und elegantesten Männchen erfolgreich sind, hat Darwin lange vor der heutigen Schönheitsindustrie gewusst.

Bioinformatics for Geneticists

Author: Michael R. Barnes
Publisher: John Wiley & Sons
ISBN: 9780470026199
Release Date: 2007-04-16
Genre: Computers

Bioinformatics for geneticists describes the key bioinformatics and genetic analysis processes that are needed to identify human genetic determinants. Including SNP functional analysis and statistical genetics.