Stochastic Modelling for Systems Biology Third Edition

Author: Darren J. Wilkinson
Publisher: CRC Press
ISBN: 9781351000895
Release Date: 2018-11-29
Genre: Mathematics

Since the first edition of Stochastic Modelling for Systems Biology, there have been many interesting developments in the use of "likelihood-free" methods of Bayesian inference for complex stochastic models. Having been thoroughly updated to reflect this, this third edition covers everything necessary for a good appreciation of stochastic kinetic modelling of biological networks in the systems biology context. New methods and applications are included in the book, and the use of R for practical illustration of the algorithms has been greatly extended. There is a brand new chapter on spatially extended systems, and the statistical inference chapter has also been extended with new methods, including approximate Bayesian computation (ABC). Stochastic Modelling for Systems Biology, Third Edition is now supplemented by an additional software library, written in Scala, described in a new appendix to the book. New in the Third Edition New chapter on spatially extended systems, covering the spatial Gillespie algorithm for reaction diffusion master equation models in 1- and 2-d, along with fast approximations based on the spatial chemical Langevin equation Significantly expanded chapter on inference for stochastic kinetic models from data, covering ABC, including ABC-SMC Updated R package, including code relating to all of the new material New R package for parsing SBML models into simulatable stochastic Petri net models New open-source software library, written in Scala, replicating most of the functionality of the R packages in a fast, compiled, strongly typed, functional language Keeping with the spirit of earlier editions, all of the new theory is presented in a very informal and intuitive manner, keeping the text as accessible as possible to the widest possible readership. An effective introduction to the area of stochastic modelling in computational systems biology, this new edition adds additional detail and computational methods that will provide a stronger foundation for the development of more advanced courses in stochastic biological modelling.

Kompendium Systembiologie

Author: Andreas Kremling
Publisher: Springer-Verlag
ISBN: 9783834886071
Release Date: 2011-10-25
Genre: Science

Das Buch beschreibt die Grundlagen der mathematischen Modellierung zellulärer Systeme. Nach einer Klassifikation von Modellen wird schwerpunktmäßig auf deterministische Modelle eingegangen und für alle relevanten zellulären Prozesse entsprechende Gleichungen angegeben. Anschließend werden eine Reihe von Verfahren zur Modellanalyse vorgestellt. Etwas kürzer werden Verfahren zum Reverse Engineering und zur Analyse von Netzwerkgraphen abgehandelt. Am Ende werden noch Verfahren der Parameteridentifikation besprochen.

Mathematical Models of Plant Herbivore Interactions

Author: Zhilan Feng
Publisher: CRC Press
ISBN: 9781351650175
Release Date: 2017-09-07
Genre: Mathematics

Mathematical Models of Plant-Herbivore Interactions addresses mathematical models in the study of practical questions in ecology, particularly factors that affect herbivory, including plant defense, herbivore natural enemies, and adaptive herbivory, as well as the effects of these on plant community dynamics. The result of extensive research on the use of mathematical modeling to investigate the effects of plant defenses on plant-herbivore dynamics, this book describes a toxin-determined functional response model (TDFRM) that helps explains field observations of these interactions. This book is intended for graduate students and researchers interested in mathematical biology and ecology.

Statistical Modeling and Machine Learning for Molecular Biology

Author: Alan Moses
Publisher: CRC Press
ISBN: 9781482258622
Release Date: 2017-01-06
Genre: Mathematics

Molecular biologists are performing increasingly large and complicated experiments, but often have little background in data analysis. The book is devoted to teaching the statistical and computational techniques molecular biologists need to analyze their data. It explains the big-picture concepts in data analysis using a wide variety of real-world molecular biological examples such as eQTLs, ortholog identification, motif finding, inference of population structure, protein fold prediction and many more. The book takes a pragmatic approach, focusing on techniques that are based on elegant mathematics yet are the simplest to explain to scientists with little background in computers and statistics.

Modeling and Simulation

Author: Hartmut Bossel
Publisher: Springer-Verlag
ISBN: 9783663108221
Release Date: 2013-11-11
Genre: Technology & Engineering

This book is the the English Language Version of the very successful German textbook, "Modellbildung und Simulation". It provides a self-contained and complete guide to the methods and mathematical background of modeling and simulation software of dynamic systems. Furthermore, an appropriate simulation software and a collection of dynamic system models (on the accompanying disk) are highlights of the book/software-Package.Dies ist die englischsprachige Ausgabe des sehr erfolgreichen Lehrbuches "Modellbildung und Simulation". Geboten wird eine vollständige Einführung in die Methoden der Simulation dynamischer Systeme, wobei auch der notwendige mathematische Hintergrund vermittelt wird. Außerdem ist eine Simulationssoftware Bestandteil des Werkes; auf der beiliegenden Diskette befinden sich ferner 50 Beispielsysteme ("Systemzoo"), die zur spielerischen Einübung der verwendeten Verfahren hilfreich sind.

Petrinetze

Author: Wolfgang Reisig
Publisher: Springer-Verlag
ISBN: 9783642967054
Release Date: 2013-03-08
Genre: Computers


Informationsmanagement in der Systembiologie

Author: Silke Eckstein
Publisher: Springer-Verlag
ISBN: 9783642182341
Release Date: 2011-06-08
Genre: Computers

In der Systembiologie wird untersucht, wie die Komponenten einer Zelle oder eines Organismus Interaktionsnetzwerke bilden und wie diese Zellfunktionen hervorrufen. Das Buch bietet einen Einstieg in die Systembiologie aus der Perspektive der Informatik. Die Autorin stellt die biologischen Grundlagen dar und führt ihre Leser schrittweise von den anfallenden Daten über die zur Verfügung stehenden Datenbanken und deren Integrationsmöglichkeiten hin zu verschiedenen Modellierungsansätzen. Der Band enthält zahlreiche Hinweise zu weiterführender Literatur.

Modeling and Analysis of Stochastic Systems Second Edition

Author: Vidyadhar G. Kulkarni
Publisher: CRC Press
ISBN: 9781439808771
Release Date: 2009-12-18
Genre: Business & Economics

Based on the author's more than 25 years of teaching experience, Modeling and Analysis of Stochastic Systems, Second Edition covers the most important classes of stochastic processes used in the modeling of diverse systems, from supply chains and inventory systems to genetics and biological systems. For each class of stochastic process, the text includes its definition, characterization, applications, transient and limiting behavior, first passage times, and cost/reward models. Along with reorganizing the material, this edition revises and adds new exercises and examples. New to the second edition: a new chapter on diffusion processes that gives an accessible and non-measure-theoretic treatment with applications to finance; a more streamlined, application-oriented approach to renewal, regenerative, and Markov regenerative processes; and, two appendices that collect relevant results from analysis and differential and difference equations. Rather than offer special tricks that work in specific problems, this book provides thorough coverage of general tools that enable the solution and analysis of stochastic models. After mastering the material in the text, students will be well-equipped to build and analyze useful stochastic models for various situations. A collection of MATLAB[registered]-based programs can be downloaded from the author's website and a solutions manual is available for qualifying instructors.

Leben als Maschine

Author: Klaus Mainzer
Publisher:
ISBN: STANFORD:36105132517322
Release Date: 2010
Genre: Artificial intelligence


Biokatalysatoren und Enzymtechnologie

Author: Klaus Buchholz
Publisher: Wiley-Blackwell
ISBN: 3527282386
Release Date: 1997-01-30
Genre: Science

Dieses Buch vermittelt anschaulich und verständlich die Grundlagen der Enzymtechnologie. Der industrielle Einsatz von Enzymen gewinnt stetig an Bedeutung: in der Lebensmittelherstellung, bei der Synthese pharmazeutischer Wirkstoffe, bei der Nutzung in Waschmitteln, in der Analytik sowie in der Umwelttechnik. In didaktisch geeigneter Weise wird mit Hilfe von zahlreichen Anwendungsbeispielen die Verwendung von Enzymen als Biokatalysatoren für umweltverträgliche Stoffumwandlungen in der biotechnischen, Lebensmittel- und chemischen Industrie, im Umweltschutz und für analytische und diagnostische Zwecke erklärt. Die Themen im einzelnen: Einführung, Enzyme als Biokatalysatoren, Enzymproduktion und Aufarbeitung, Anwendung gelöster Enzyme, Immobilisierung von Enzymen, Immobilisierung von Mikroorganismen und Zellen, Charakterisierung immobilisierter Biokatalysatoren, Reaktoren und Prozeßtechnik, Analytische Anwendung von Enzymen.

Partielle Differentialgleichungen

Author: Walter A. Strauss
Publisher: Springer-Verlag
ISBN: 9783663124863
Release Date: 2013-08-13
Genre: Mathematics

Dieses Buch ist eine umfassende Einführung in die klassischen Lösungsmethoden partieller Differentialgleichungen. Es wendet sich an Leser mit Kenntnissen aus einem viersemestrigen Grundstudium der Mathematik (und Physik) und legt seinen Schwerpunkt auf die explizite Darstellung der Lösungen. Es ist deshalb besonders auch für Anwender (Physiker, Ingenieure) sowie für Nichtspezialisten, die die Methoden der mathematischen Physik kennenlernen wollen, interessant. Durch die große Anzahl von Beispielen und Übungsaufgaben eignet es sich gut zum Gebrauch neben Vorlesungen sowie zum Selbststudium.

Mathematische Statistik

Author: Bartel L. van der Waerden
Publisher: Springer-Verlag
ISBN: 9783642649745
Release Date: 2013-03-12
Genre: Mathematics


Ferromagnetismus

Author: R. Becker
Publisher: Springer-Verlag
ISBN: 9783642473661
Release Date: 2013-03-13
Genre: Science

Dieser Buchtitel ist Teil des Digitalisierungsprojekts Springer Book Archives mit Publikationen, die seit den Anfängen des Verlags von 1842 erschienen sind. Der Verlag stellt mit diesem Archiv Quellen für die historische wie auch die disziplingeschichtliche Forschung zur Verfügung, die jeweils im historischen Kontext betrachtet werden müssen. Dieser Titel erschien in der Zeit vor 1945 und wird daher in seiner zeittypischen politisch-ideologischen Ausrichtung vom Verlag nicht beworben.